1 技术需要高发酵床养猪需要较高的技术和经验，养殖人员需要掌握相关的知识和技能，否则可能会影响猪只的生长和健康同时也需要定期对发酵床进行维护和管理，否则床层的质量会下降，影响养猪效果2 高成本建造发酵床需要投入一定的资金，同时需要购买发酵菌剂等特殊设备，成本相对较高3 气味。

1 发酵床养猪法猪舍内不能使用化学消毒药品和抗生素类药物，如果使用，将杀灭和抑制微生物所谓的益生菌，或抑制其繁殖，使得微生物的活性降低，虽然推广的商业机构强调发酵床养猪疾病较传统饲养发病率会下降，但不是不会发生，而当猪场和猪群发生呼吸道疾病时，养猪同行面临着两难的选择，不用药，猪。